PacBio测序仪采用单分子实时测序（SMRT）技术，测序时无需PCR扩增，具有更快的数据读取速度，可实现对每一条DNA的单独测序。

PacBio SMRT测序速度极快，提高了测序效率。与二代测序技术相比，PacBio SMRT测序具有读长超长、测序速度快、准确率高、可直接检测表观修饰、无需PCR扩增的特点，在以下工作中更具优势：

　　1. 全基因组测序。PacBio SMRT技术具有读长长的特点，能够有效减少后续基因组的拼接，避免由于读长较短而丢失基因序列或造成拼接错误，从而提高了测序结果的准确性及完整性，并提高了测序速度。SMRT测序能够检测重复序列及结构变异区域等二代测序无法完成的工作，已在鉴定未知微生物基因组测序中获得广泛应用。

　　2. 表观修饰检测。PacBio SMRT技术对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测，当DNA碱基带有修饰时，聚合酶会慢下来，引起脉冲间隔持续时间异常，从而捕捉到修饰位点。与二代测序相比，SMRT技术可直接检测自然状态下的甲基化碱基序列，不仅可以对已知基因组信息的样本进行甲基化分析，还可以对新的甲基化类型、无参考基因组和低覆盖率的样本进行检测。目前，SMRT测序技术已用于N6-mA、4mC的检测。

　　3. RNA测序。PacBio SMRT技术可对 RNA直接测序，对基因的结构做出分析，如RNA剪接等。SMRT测序技术能够分辨mRNA异构体，在分析复杂的可变剪接中发挥极大的优势。

　　4. 单核苷酸多态性SNP检测及低频率突变分析。由于SMRT技术无需PCR扩增，避免了扩增时引入碱基错误，可检测到低频率的罕见突变，获得更多的宝贵信息。PacBio SMRT技术虽然错误率较高，但是测序错误不随读长的增加而提高、无偏好性，可通过多次测序进行有效纠错。与二代测序技术相比，具有更高的准确性。